生于群马县。他从孩提时代就对拍电影产生了浓厚的兴趣，当他还在上小学的时候，就看了史蒂芬·斯皮尔伯格的《外星人》，对这部电影喜欢得不得了。 就读于近畿大学艺术学科，师从著名编剧石堂淑朗。中途退学，他搬到京都，一边到电影院和咖啡馆打工一边写剧本。他做了大约三四年的助理导演，但是很快意识到没有机会学习更多的拍摄和照明技巧，于是就决定去电影学校学习。
1997年，他成为电影技术美学讲座的第1期学员。1998年，制作了3分钟的电影短片，受到了黒沢和高桥的好评。日本制片人一濑隆重非常活跃，他监制过的《午夜凶铃》后来曾改编成美国版。在清水崇还是一个学生的时候，他就对这个年轻人青眼有加。早年《午夜凶铃》的编剧之一高桥洋曾经向一濑隆重介绍过清水崇，赞扬他将来一定会大有作为。当初清水崇看过《午夜凶铃》后拍摄了两部短片，下决心要用一种全新的风格拍摄恐怖片，以一种清晰而又现实的方式展示恶鬼，而不是幽灵。一濑隆重对高桥洋转交给他的清水崇的课余作品留下了深刻的印象，他很快与日本V－Cinema电影公司达成协议，以录像带的形式发行这两部作品，并决定一手提拔这个有希望的年轻导演，这样便诞生了后来的日本版《咒怨》。它由两部录像带很快红遍整个亚洲。
清水崇的《稀人》在布鲁塞尔影展拿下最佳恐怖片金鸦奖。2005年他又拍摄了《轮回》。以美版《咒怨》完成好莱坞初次亮相的清水崇，将拍摄新线公司投资的恐怖片《寄生兽》。影片根据日本同名漫画改编，作为导演的清水崇还会参与剧本改编工作，而且与他合作的搭档同样包括一濑隆重。
